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工程預算審計主要針對工程項目決算的，在一個建設項目竣工完成，建設單位與施工單位結算工程款時進行的。工程預算審計就是工程預算審核（審價），是工程預算咨詢單位咨詢業(yè)務的一部分。受業(yè)主委托對其工程項目的概算、預算及結算等，依據現行 政策法規(guī)、計價依據及相關工程技術資料對送審造價的工程量、單價及取費等進行逐項審核。在運用工程量清單計價模式進行工程預算審計工作時，可以從以下幾個方面來進行：

工程預算竣工決算審計依據《審計法》和審計署發(fā)《基本建設竣工決算審計工作要求》進行，基建審計內容為（1）竣工決算編制依據；（2）項目建設及概（預）算執(zhí)行情況；（3）建設成本；（4）交付使用資產；（5）尾工工程；（6）結余資金；（7）基建收人；（8）投資包干結余；（9）投資效益評價。主要根據 的審計法和相關規(guī)定，對建設項目竣工決算進行審計，主要審查概（預）算在執(zhí)行中是否超支，超支原因，有無隱匿資金；隱瞞或截留基建收人和投資包干結余、以及以投資包干結余名義分基建投資之類的違紀行為等等。

工程預算增加工程是“貓膩”較多的地方，究其原因，主要是設計單位設計深度不夠，建設單位責任心不強。有些承包商在“低價中標法”中不計成本得到工程后，為了彌補損失，千方百計增加工程簽證，在利益誘惑下，某些項目管理者亂簽證、補簽證現象嚴重 ，審計人員一旦認真復核，通常會發(fā)現簽證工程量與實際出入較大。安裝、裝飾及園林工程結算取定的材料單價和市場行情出入很大，有的甚至“偷梁換柱”。例如某國產燈具安裝材料套用進口材料價格，工地現場的名貴樹種規(guī)格和結算書的規(guī)格大相徑庭，通過現場勘查取證 ，工程預算水分被大大擠壓出來。

工程預算通過分析各項費用指標來找出工程預算審計的突破口，準確完整的反映工程的實際造價。如對某單位一建筑項目進行審計，審計人員通過審查發(fā)現該項目與以往審計過的某幢建筑物A的設計完全想同，經過測算該項目的經濟造價指標和部分材料指標均高出A建設工程，審計人員進一步審計發(fā)現該項工程多計鋼材16.3t；商品砼多計128.8m3。由于上年價格指數變動不大，且使用的是同一估價本，所以審計人員在審計過程中只考慮價差問題未考慮價格上漲指數，審計人員核減工程預算合計15.78萬元。